Untuk bersaing dan bergerak dalam perbenihan bawang merah maka beberapa masalah yang umum harus segera diatasi agar perbenihan bawang merah lebih mantap dan bermutu sehingga banyak penangkar benih bermunculan dan tiba saatnya kita tidak tergantung dari umbi konsumsi asal impor yang dijadikan benih namun umbi benih yang benar-benar berasal dari benih bermutu atau benih bersertifikat.Umur simpan umbi bawang merah sangat pendekUmur simpan umbi yang sangat pendek tidak dapat dirubah karena memang secara genetis umbi bawang merah berair tidak seperti benih tanaman lainnya, misal dengan bawang putih kandungan airnya lebih banyak bawang merah, apalagi dengan tanaman sayuran lainnya yang benihnya berupa biji.  Oleh karenanya salah satu hal untuk mensiasati agar umur simpannya dapat diperpanjang beberapa hari yaitu dengan menyimpan benih pada kadar air yang sesuai.  Sehingga perlu pengeringan sampai kering askip sebelum disimpan digudang.Susut bobot sangat tinggiSusut bobot yang  tinggi dapat dikurangi dengan keringnya umbi (kadar air 15 %) sebelum disimpan di gudang.  Selain itu dengan kebersihan gudang dan keluar masuknya udara yang baik dalam gudang akan mengurangi susut bobot umbi dan mengurangi serangan OPT gudang.Serangan OPT di penyimpananSerangan OPT di penyimpanan karena gudang yang kurang bersih, keluar masuknya udara kurang baik, serta hama maupun penyakit  terbawa mulai di lapang.  Oleh karena itu mulai dari lapang harus diseleksi kemungkinan calon benih membawa hama  seperti ulat grayak (Spodoptera exigua) ataupun penyakit seperti Fusarium, Alternaria maupun Antraknose sejak di lapang.Butuh gudang yang cukup luas dan memenuhi syaratKebutuhan gudang untuk menyimpan benih bawang merah dibandingkan tanaman lainnya sangat luas.  Hal ini karena dompolan umbi bawang merah yang cukup besar tidak dapat ditumpuk begitu saja namun diletakkan di atas para-para.  Gudang tidak lembab, aliran udara baik, bersih, tidak ada hama dan penyakit, tidak bocor sehingga air hujan masuk.Calon benih tidak diseleksi di lapang  oleh produsen benihCalon benih bawang merah kebanyakan tidak diseleksi oleh penangkar benih bawang merah.  Walaupun diperbanyak dengan umbi yang tentunya sifatnya tidak akan berubah namun seleksi di lapang tetap harus dilakukan.  Seleksi dapat dilakukan dengan memilih benih yang tidak harus berumbi besar namun umbi berukuran sedang (5-7 gram) dengan jumlah anakan yang  tidak terlalu banyak dan warna umbi yang cerah serta pertumbuhan tanaman bagus dan tidak terserang hama dan penyakit.  Benih yang berukuran kecil dapat diperoleh dengan mengatur jarak tanam lebih rapat.