Upaya peningkatan produksi jagung diarahkan untuk mencapai swasembada jagung secara bekelanjutan. Namun demikian masih terdapat sejumlah kendala dan masalah yang perlu diselesaikan. Kendala dan masalah tersebut adalah belum teradopsinya sistem Pengelolaan Tanaman Terpadu (PTT) secara penuh dan utuh di kalangan petani jagung.

Beberapa masalah tersebut antara lain sebagai berikut:

1. Penggunaan Benih Unggul

Penggunaan benih unggul merupakan kunci utama untuk peningkatan produktivitas jagung. Dalam kaitan ini pemerintah mendorong penggunaan benih jagung hibrida unggul karena memiliki tingkat produktivitas yang tinggi. Sampai saat ini tingkat penggunaan benih jagung hibrida masih rendah yaitu baru sekitar 56% dari total pertananaman. Tingkat penggunaan benih unggul yang masih rendah ini antara lain disebabkan harga benih jagung hibrida relative tinggi sehingga tidak terjangkau oleh sebagaian besar petani. Selain masalah harga, distribusi benih unggul jagung hibrida yang belum meluas juga menjadi kendala bagi petani untuk menanam jagung varietas unggul.

2. Pemupukan Berimbang

Penerapan penggunaan pupuk berimbang juga belum sepenuhnya diterapkan oleh petani, sehingga masih menjadi kendala dalam pengembangan jagung. Saat ini sebagian besar petani belum menerapkan prinsip pemupukan sesuai rekomendasi sehingga produktivitas hasil tidak maksimal sesuai potensi. Sejumlah kendala masih dihadapi oleh petani jagung dalam kaitan dengan hal ini yaitu keterbatasan modal dan ketersediaan pupuk tepat waktu dan tepat jumlah. Terkait dengan permodalan, sebagian besar petani jagung masih menggunakan modal sendiri tanpa dukungan dari perbankan atau lembaga permodalan lainnya. Akibatnya, petani memupuk sesuai dengan kemampuan keuangannya. Sementara itu, di sejumlah daerah distribusi pupuk juga masih belum lancar sehingga sering terjadi pupuk tidak tersedia pada saat diperlukan. Kondisi di atas menyebabkan produktivitas jagung di tingkat petani masih rendah.

3. Pasca Panen

Penanganan pasca panen sangat diperlukan mengingat hasil panen jagung mudah rusak jika tidak mendapat perlakuan pasca panen yang tepat. Sembilan jam setelah panen, jagung harus dikeringkan sampai kadar air mencapai 14-15%. Jika tidak maka jagung akan berjamur dan terkena aflatoxin. Kandungan aflatoxin yang tinggi bisa menyebabkan keracunan pada unggas yang memakannya.  

Namun demikian sampai saat ini mayoritas petani belum melakukan penanganan pasca panen dengan baik dan benar. Setelah pemanenan, petani umumnya hanya mengeringkan di bawah sinar matahari. Pengeringan dengan cara ini sebenarnya cukup bisa menurunkan kadar air namun sulit untuk mencapai tingkat maksimum (15%). Selain itu, jika panen dilakukan pada musim hujan pengeringan akan terkendala oleh cuaca yang kurang baik (mendung, hujan, dan lain - lain).

Untuk mengatasi hal tersebut di atas seharusnya dilakukan pengeringan secara mekanis dengan menggunakan alat pengering (dryer). Namun ketersediaan dryer baik yang disediakan pemerintah maupun swasta masih sangat terbatas. Akibatnya kualitas jagung petani jarang mencapai tingkat terbaik (premium). Pengolahan pasca panen yang tidak maksimal ini juga menyebabkan susut hasil akibat kerusakan jagung.