Menginjak tahun 2016 Jogja Benih mengadakan rapat koordinasi bersama Instansi terkait dan akademisi untuk membahas kegiatan Jogja Benih pada tahun 2016, Kamis (24/3). Rapat dipimpin oleh Ketua Jogja Benih, Ir. Nanang Suwandi, M.Si.

Di tahun 2016 Jogja Benih mempunyai beberapa kegiatan diantaranya Penerbitan Buletin Jogja Benih edisi ke-2, Roadshow Perbenihan ke Jawa Tengah, Promosi Perbenihan, Ekspose Perbenihan, dan Forum Pemulia Tanaman. Kegiatan – kegiatan Jogja Benih melibatkan Biro Administrasi Perekonomian dan SDA, Dinas Pertanian DIY, Dinas Kehutanan dan Perkebunan DIY, Dinas Kelautan dan Perikanan DIY, Balai Besar Penelitian dan Bioteknologi Tanaman Hutan Yogyakarta, UGM, dan produsen/penangkar benih di DIY.