Rapat rutin yang selalu dilakukan Jogja Benih yaitu Koordinasi dengan Tim Pokja Jogja Benih.
Jogja Benih dalam pengembangan perbenihan/perbibitan di DIY memiliki peran antara lain :
- Sebagai koordinator dan fasilitator layanan informasi, konsultasi, diseminasi dan promosi kegiatan perbenihan/perbibitan tanaman pangan, hortikultura, peternakan, perikanan, perkebunan dan kehutanan
- Memfasilitasi pengembangan kerjasama antar pelaku usaha perbenihan/perbibitan dan pembentukan jejaring untuk kepentingan perbenihan/perbibitan tanaman pangan, hortikultura, peternakan, perikanan, perkebunan dan kehutanan
- Memfasilitasi pertemuan antar pelaku usaha perbenihan/perbibitan tanaman pangan, hortikultura, peternakan, perikanan, perkebunan dan kehutanan
- Memfasilitasi informasi melalui media internet dari hasil-hasil penelitian yang dilakukan oleh lembaga penelitian atau perguruan tinggi maupun pelaku usaha perbenihan/perbibitan lainnya serta informasi ketersediaan benih/bibit
Tantangan yang dihadapi Jogja Benih sebagai Sekretariat Bersama yaitu bagaimana menyatukan pelaku usaha perbenihan yang memiliki komoditas berbeda serta tingkatan kemampuan usaha yang berbeda menjadi potensi yang dimiliki DIY dan mampu menjadi salah satu motor penggerak roda perekonomian masyarakat khususnya petani dalam satu wadah yang disebut Jogja benih. Menurut Prof. Dr. Ir. Prapto Yudono, M.Sc yang merupakan Dosen Fakultas Pertanian UGM dan juga merupakan salah satu pendiri Jogja Benih, beliau menuturkan bahwa "Jogja Benih diharapkan dapat menjadi Jogja Seed Center, media antara Litbang/perguruan tinggi/peneliti/produsen supaya informasi perbenihan/perbibitan dengan cepat dapat sampai ke konsumen atau masyarakat." Sesuai dengan visi Jogja Benih yaitu menjadi pusat informasi produksi dan teknologi perbenihan/perbibitan berperan nyata di tingkat Nasional.
